• Direktur merupakan unsur pelaksana sebagian tugas pokok dan fungsi yayasan yang berada di bawah yayasan. Ia bertugas mengkoordinir dan memimpin pelaksanaan pendidikan, pengajaran, pernelitian, pengembangan dan jaminan mutu, sistem informasi, dokumentisi dan publikasi, pembinaan tenaga pendidik dan kependidikan, pembinaan keiswaan, tenaga administrasi serta hubungan dengan lingkungannya.
• Dalam melaksanakan tugasnya Direktur dibantu oleh seorang Wakil Direktur yang berada di bawah dan bertanggung jawab langsung kepada Direktur. 

MADRASAH IBTIDAIYAH

• Dipimpin oleh seorang Kepala Madrasah Ibtidaiyah dan dibantu oleh empat orang Wakil Kepala Madrasah, yaitu Wakil Kepala Madrasah Bidang Akademik dan Kurikulum, Wakil Kepala Madrasah Bidang Kesiswaan I (kelas IV - VI), Wakil Kepala Madrasah Bidang Kesiswaan II (Kelas I - III), dan Wakil Kepala Madrasah Bidang Kesiswaan III (Kelas Jauh/Pamulang).
• Kepala Madrasah Ibtidaiyah bertugas mengkoordinir dan melaksanakan pendidikan dan pengajaran tingkat Ibtidaiyah, pembinaan tenaga pendidik dan kependidikan, pembinaan kesiswaan serta pengabdian kepada masyarakat. Ia bertanggung jawab langsung kepada Direktur.

MADRASAH TSANAWIYAH

• Dipimpin oleh seorang Kepala Madrasah Tsanawiyah dan dibantu oleh Wakil Kepala Madrasah Bidang Akademik dan Kurikulum dan Wakil Kepala Madrasah Bidang Kesiswaa.
• Kepala Madrasah Tsanawiyah bertugas mengkoordinir dan melaksanakan pendidikan dan pengajaran tingkat Tsanawiyah, pembinaan tenaga pendidik dan kependidikan, pembinaan kesiswaan serta pengabdian kepada masyarakat. Ia bertanggung jawab langsung kepada Direktur.

MADRASAH ALIYAH

• Dipimpin oleh seorang Kepala Madrasah Aliyah dan dibantu oleh Wakil Kepala Madrasah Bidang Akademik dan Kurikulum dan Wakil Kepala Madrasah Bidang Kesiswaa.
• Kepala Madrasah Aliyah bertugas mengkoordinir dan melaksanakan pendidikan dan pengajaran tingkat Aliyah, pembinaan tenaga pendidik dan kependidikan, pembinaan kesiswaan serta pengabdian kepada masyarakat. Ia bertanggung jawab langsung kepada Direktur.

PUSAT LITBANG DAN JAMINAN MUTU

• Merupakan unsur pelaksana sebagian tugas Madrasah Pembangunan dalam bidang penelitian, pengembangan dan jaminan mutu yang berada di bawah dan bertanggung jawab langsung kepada Direktur. Dalam melaksanakan tugasnya dipimpin oleh seorang Kepala yang membawahi kelompok tenaga ahli.
• Pusat ini bertugas melaksanakan penyiapan bahan perumusan kebijakan, pembinaan, pengembangan dan pemberian bimbingan teknis, supervisi, evaluasi dan akreditasi internal di bidang penelitian, pengembangan, dan jaminan mutu.

• Merupakan unsur pelaksana sebagian tugas Madrasah Pembangunan dalam bidang informasi, dokumentasi dan publikasi yang berada di bawah dan bertanggung jawab langsung kepada Direktur. Dalam melaksanakan tugasnya dipimpin oleh seorang Kepala yang membawahi kelompok tenaga ahli.
• Pusat ini bertugas melaksanakan sistem informasi, dokumentasi, dan publikasi.

• Merupakan unit pelaksana teknis di bidang perpustakaan yang berada di bawah dan bertanggung jawab langsung kepada Direktur. Dalam melaksnakan tugasnya dipimpin oleh seorang Kepala yang membawahi sekelompok pustakawan.
• Perpustakaan bertugas melaksanakan layanan bahan pustaka untuk pendidikan dan pengajaran.

• Merupakan unit pelaksana teknis di bidang laboratorium yang berada di bawah dan bertanggung jawab langsung kepada Direktur. Dalam melaksnakan tugasnya dipimpin oleh seorang Kepala yang membawahi sekelompok laboran.
• Laboratorium bertugas melaksanakan layanan penunjang pelaksanaan pendidikan dan pengajaran keagamaan, bahasa, serta ilmu pengetahuan dan teknologi.

• Merupakan unsur pembantu pimpinan dalam bidang administrasi pendidikan dan pengajaran, kesiswaan dan alumni, perencanaan, keuangan, kepegawaian serta umum dan humas yang berada di bawah dan bertanggung jawab langsung kepada Direktur.
• Bagian tata usaha dipimpin oleh seorang Kepala Bagian dan bertugas memberikan layanan administrasi pendidikan dan pengajaran, kesiswaan dan alumni, perencanaan, keuangan, kepegawaian, serta umum dan humas.
• Bagian tata usaha terdiri atas Sub Bagian Administrasi Pendidikan dan Pengajaran, Sub Bagian Administrasi Keuangan dan Kepegawaian, serta Sub Bagian Administrasi Umum dan Humas.