Kurikulum Madrasah Pembangunan UIN Jakarta adalah Kurikulum Departemen Agama yang dipadukan dengan Kurikulum Departemen Pendidikan Nasional dan dioleh sesuai dengan visi dan misi Madrasah Pembangunan UIN Jakarta. Dengan demikian, siswa MP UIN Jakarta akan mendapatkan porsi pendidikan agama seperti siswa madrasah (Depag) dan mendapatkan pelajaran umum seperti siswa sekolah umum (Depdiknas).

Dengan penerapan dua kurikulum yang dikombinasi dan dimodifikasi itulah diharapkan lulusan MP UIN Jakarta akan mendapatkan ilmu pengetahuan umum yang berimbang dengan keimanan dan ketaqwaan (menguasai ilmu pengetahuan yang luas sekaligus dekat kepada Allah SWT, Tuhan Yang Mahaesa).

Program penanaman dan pemantapan nilai-nilai keagamaan sejak dini kepada siswa senantiasa terus ditingkatkan. Kegiatan ini dilaksanakan dengan cara-cara antara lain: membaca do'a dan ayat-ayat suci Alquran pada awal jam pelajaran pertama, shalat Dhuha, shalat berjama'ah, dan praktek-praktek ibadah lainnya. Diharapkan anak akan terbiasa dan terlatih untuk melaksanakan ibadah sehingga ibadah tidak lagi menjadi beban, tetapi akan menjadi satu kebutuhan.

Dalam rangka pengembangan bakat dan minat serta mempersiapkan siswa dalam menghadapi perkemabangan zaman yang santer dengan arus globalisasi, maka diadakan kegiatan ekstrakurikuler sebagai wadah penyalurannya. Keterampilan mengoperasikan komputer, penelitian, kepemimpinan, jurnalistik, sosial kemasyarakatan, olah raga, seni, dan kegiatan positif lain yang dapat dijadikan bekal dalam jenjang selanjutnya menjadi target terselenggaranya kegiatan ekstrakurikuler. Siswa diberi kebebasan untuk memilih dan mengikuti sedikitnya satu dari sekian banyak kegiatan ekstrakurikuler.